Kisah sejarah Taman Nasional Karimunjawa telah meninggalkan kisah cerita yang melegenda dikalangan masyarakat hingga kini.
Dikisahkan, Sunan Muria yang bernama Ahmad Amir yang menginjak usia remaja memiliki sifat manja dan nakal.
Akhirnya Sunan Muria menitipkan Ahmad Amir ke Sunan Kudus supaya menjadi pribadi yang lebih baik.
Semenjak dididik oleh Sunan Kudus menunjukkan perubahan yang baik, kemudian dikembalikan ke dua orang tuanya.
Namun, sesudah kembali ke orang tuanya, Ahmad Amir akhirnya disuruh berpetualang mencari ilmu pengetahuan ke sebuah pulau yang lokasinya tidak jauh dari puncak Gunung Muria.
Ketika itu, dari puncak gunung pulau tersebut kelihatan kremun-kremun. Tidak lama kemudian Amir Hasan bersama 2 orang abdi dengan bekal 2 buah biji nyamplung.
Perjalanan menuju pulau tersebut dikisahkan memakan waktu lama. Tetapi akhirnya mereka tiba di pulau yang kemudian mereka menetap di sana
Pulau ini terkenal dengan nama Pulau Karimunjawa. Keberadaan pulau tersebut masih dapat dilihat sampai sekarang.
Deretan pepohonan nyamplung, bangunan masjid hingga makam Sunan Nyamplung masih dapat dijumpai di Kepulauan Karimunjawa.
Rumah bagi Puluhan Ribu Habitat Tumbuhan Tropis